正由于徐福最后并没有回到秦朝，所以有的学者认为徐福东渡的真正目的不是为了寻药，而是为了避祸。
徐福欺骗秦始皇，第二次出海，并不是要为秦始皇寻找长生不老之药，而是他对秦始皇的统治不满，并曾提出过不利于秦始皇的言论，他害怕秦始皇的惩治，便以寻找丹药为由，出海东渡，想逃离秦始皇的控制，再也不回秦朝了。
还有一些历史学家认为，徐福东渡是打着寻药的幌子，实施开发海外疆土的政策。《吕氏春秋·为欲篇》指出了秦国统治者的理想：“北至大夏，南至北户，西至三危，东至扶木，不敢乱矣。”其中提到的“扶木”就是“扶桑”，也就是现在的日本。秦始皇一再派徐福等入海寻找三神山，或许不是单纯为了找神药，而是为了把东方疆土开拓至今天的日本。
秦始皇真的“坑儒”了吗
秦始皇“焚书坑儒”是一段非常残酷的历史，不少史籍都对这件事进行了描述，不过让人感到不解的是，各类书籍只对“焚书”作了详细记载，对“坑儒”一事却叙述得很模糊。秦始皇“坑儒”这宗历史事件，是否真的发生过呢？