前98年（武帝天汉三年癸未） 迁四十八岁
是年冬李陵家被族灭。司马迁受株连，以“诬罔罪”遭受宫刑。
前97年（武帝天汉四年甲申） 迁四十九岁
司马迁出狱为中书令，世俗目为“尊宠任职”，而司马迁视为奇耻大辱，隐忍苟活发愤著书。
前93年（武帝太始四年戊子） 迁五十三岁
复书任安（即《报任安书》），叙说不幸遭遇和深虑的思想，通报《史记》基本完稿，定名《太史公书》。是书“究天人之际，通古今之变，成一家之言”，可藏之名山，传于后世。
四、晚年修订
（前92—前86，约七年）
武帝征和以后到昭帝之初七年为司马迁修史的第三阶段，最后编成《史记》定本，正本藏官府，副本留京师家中。司马迁晚年仍在修订《史记》。
前91年（武帝征和二年庚寅） 迁五十五岁
巫蛊狱起，太子刘据举兵斩江充；武帝令丞相刘屈牦讨叛，太子兵败自杀。
司马迁晚年修订《太史公书》直至昭帝之初。主要内容为：调整篇目与编订次序；抒愤寄托，鸣写不平；附记太初以后大事；补载或修订太初以前史事。
前90年（武帝征和三年辛卯） 迁五十六岁
田千秋上书讼太子冤，武帝平反太子，怨北军使者护军任安受太子节而不助太子。六月腰斩丞相刘屈牦与任安。