一九三七年七七事变后，北平失陷。马加再次流亡，辗转济南、南京、开封、西安，进行抗日宣传。后经于毅夫介绍，到第一八一师做短期宣传工作，不久又到晋西北参加动委会工作，任岚县郭家村工作团团长，还在雁门关外续范亭领导的游击队里打过游击。一九三八年五月到达延安。
到延安后，马加进陕北公学学习，毕业后到边区文协从事创作。一九三九年至一九四一年，参加八路军战地文工团，先后深入冀中、冀南、晋察冀、平西、晋西等华北抗日根据地，随部队行动，体验生活。一九四一年五月重返延安，在“文抗”从事专业创作。由于有前方生活的体验，他写出短篇小说、散文《萧克将军在马兰》《通讯员孙林》《光荣花的获得者》《宿营》等，先后在延安的《谷雨》和《解放日报》上发表。一九四五年，反映晋察冀抗日根据地生活的长篇小说《滹沱河流域》在《解放日报》连载。在延安，马加入了党，参加延安文艺座谈会，创作勤奋。整风运动后期，到中央党校三部学习，“抢救运动”中也一度蒙冤。
抗战胜利后，马加由延安赴东北。先在张家口《晋察冀日报》社短期工作，主编副刊。一九四六年五月，经内蒙古科尔沁草原赴北满解放区齐齐哈尔。由于在草原上行军和敌人的一场遭遇，马加后来写出了反映这段战斗经历的优秀中篇小说《开不败的花朵》。小说被译成多种外文出版，反响很大，成为马加的成名作。