但是，中外合作办学的进一步也面临着一些问题和挑战，这主要体现在以下几个方面。
第一，要引进真正的国外优质资源。中外合作办学的一个主要目的，是要引进真正的优质资源，通过与国外学校的合作学习其先进的教育理念、管理模式和办学经验，同时通过引进国外的优势学科的课程与教学，缩小与发达国家的差距。但就目前的发展现状来看，中外合作办学虽然形式多样，项目繁多，但真正参与合作的国外一流大学为数不多。参与合作办学的国外高校虽然绝大多数来自发达国家，但大部分都是一些在本国水平一般、甚至是低档次的学校。它们的与国内高校合作办学的主要目的，也主要是扩大海外生源和收取学费。这显然与我们开展合作办学的初衷是有出入的。今后，我们应该从政策环境等方面入手，积极引入国外一流大学与国内高校的合作。
第二，中外合作办学的发展不平衡。这主要体现在两个方面。其一，从合作办学的地域分布来看，主要集中在经济文化比较发达、优质高校资源也相对比较丰富的东部省份，而经济文化相对落后、高校资源，尤其是优质高校资源比较稀缺的西部地区合作办学的规模和数量都占有很小的比重。其二，从合作办学的专业来看，主要集中在经济、管理、金融、贸易等领域[93]。这其中的一个重要原因是这些专业办学成本比较低。但是，这些专业近年来国内的招生数量已经很大，也不是我们急需与国外先进水平缩小的差距的专业。因此，今后合作办学方面应该着重解决的两个问题，一是要在政策上向西部地区倾斜，争取通过合作办学起到带动西部地区高校发展的作用；二是要在合作办学的专业方面，尽量选择对提升我们国家的科技实力具有重大意义的学科领域。