1559年7月，即《卡托—坎布雷西和约》签订后不久，亨利二世去世，年仅15岁的太子即位，称弗朗西斯二世（1559—1560年在位）。弗朗西斯二世体弱多病，由两位外戚（王后的两位叔叔）掌握实权：一个是吉斯公爵、王国军队统帅弗朗西斯，另一个是其弟、负责内政的洛林红衣主教查理。吉斯集团得到东北部和中部贵族的支持，以天主教信仰捍卫者的面目出现。与吉斯集团对立的是纳瓦尔国王、弗朗西斯一世妹夫、波旁家族的安托万及其弟贡德亲王路易，还有海军上将、夏蒂隆家族的加斯帕德·科里尼。他们打着加尔文教的旗帜，称“胡格诺集团”，主要势力在南方。新旧教两派贵族集团争夺国家最高权力的斗争愈演愈烈，安托万公开表示要从吉斯集团的横暴中拯救国王。
1560年12月，弗朗西斯二世死，10岁的查理九世（1560—1574年在位）继位，太后、美第奇家的凯瑟琳摄政。她想调和两派贵族集团之间的矛盾，或者拉一派打一派，以维护王权和已建立起来的君主专制。她任命主张和解的政治家米歇尔·德·洛斯比塔尔为首相，并在枫丹白露召集两派贵族开会，决定召开三级会议共商国是。1560年12月，三级会议在奥尔良开幕。洛斯比塔尔向会议呼吁：“让我们抛弃诸如党派、乱党和叛乱、路德派、胡格诺派以及教皇派这些恶意的字眼，只保留基督教徒的称呼。”[5]1561年9月，在太后授意下，新旧教神学家在普瓦西举行会议，加尔文选派具有和解精神的狄奥多尔·贝扎参加会议。1562年1月，太后颁布敕令，允许胡格诺白天有在城外做礼拜的自由。然而，两派贵族集团之间的矛盾积重难返，终于爆发了旷日持久的宗教战争——胡格诺战争。实际上，宗教之争只是形式，在战争进程中不同集团的人物根据需要改变宗教信仰的事屡见不鲜。所谓“宗教战争”，不过是两派贵族集团争权夺利的一场大内战。