由于地位长期不能确立，皇长子朱常洛根本没有受到应有的尊重，甚至连太监们也不把他放在眼里。有一年他出阁读书时，正值冰天雪地的寒冬时节，侍候他的太监们在另外一间屋子里围着火炉喝茶聊天，却没人给这位皇长子生火。当时他穿的是一件普通的狐裘，冻得全身发抖。讲官郭正域实在看不下去了，气得大发雷霆，太监们才慢腾腾地出来生炉起火。
等到后来，万历不得已立了朱常洛为太子，但这位太子的命运并没有根本性好转，就连他的大婚万历也托病不去，闹得朱常洛只得和太子妃相对垂一把辛酸泪。这位倒霉的朱常洛太子，就是崇祯的生父光宗。
当张差莫名其妙冲进太子的慈庆宫行凶的梃击案发生后，虽然一开始被认为是疯人闯户，事出偶然，但一部分早就对万历宠爱郑妃、冷淡太子不满的文官却认为这里面肯定有一个巨大的阴谋。刑部主事王之寀认为：张差定非疯人，而是受了郑贵妃宫中太监庞保和刘成一伙的指使，意在“谋危太子”，兹事体大，不可不察。一时间，群情哗然。
面对汹涌的舆论，万历不得不亲自出面。他下旨谕内阁，为此案定性为：“张差身无寸铁，的系疯癫，不许妄扳，诬陷无辜。”
万历公开表态之前，太子朱常洛也认定张差梃击东宫必有主使，而万历得知太子的看法后，勃然色变。太子闻知，吓得面如土色，连声说：“此事只在张差身上结局足矣。”并跪在地上，连说三遍，“儿岂敢得罪于天地。”